Tematy ćwiczeń z Inżynierii Genetycznej w semestrze zimowym 2020/21 w warunkach pandemii COVID19 (zdalnie):

Zajęcia prowadzone on-line (8 tygodni):

1. Fag lambda i inne wektory. Zasady konstrukcji bibliotek – prowadzący Marcin Filipecki, 1 X

2. Sposoby przeglądania bibliotek – prowadzący Marek Koter, 6 X

3. Praca z RNA, synteza cDNA – prowadzący Marek Koter, 8 X DODATKOWE CZYTANIE

4. Zaawansowane wykorzystanie PCR. – prowadzący Jakub Mielecki, 13 X

5. Kolokwium 1. Subklonowanie 1 – prowadzący Grzegorz Bartoszewski, 15 X

6. Subklonowanie 2– prowadzący Grzegorz Bartoszewski, 20 X

7. Rekombinowane białka 1. prowadzący Grzegorz Bartoszewski, 22 X

8. Rekombinowane białka 2. prowadzący Grzegorz Bartoszewski, 27 X

9. Metody hybrydyzacyjne w inżynierii genetycznej – prowadzący Agnieszka Skarzyńska, 29 X

10. Kolokwium 2. Genomy organellarne 1 – prowadzący Agnieszka Skarzyńska, 3 XI

11. Genomy organellarne 2 – prowadzący Agnieszka Skarzyńska, 8 XI

12. Metody klonowania rekombinacyjnego i inne bez wykorzystania enzymów restrykcyjnych – prowadzący Piotr Gawroński, 10 XI

13. Wykorzystanie mutantów w biologii. Izolacja i trawienie genomowego DNA - prowadzący Piotr Gawroński, 15 XI; (dodatkowe czytanie – wykorzystanie miejscowo-specyficznych nukleaz)

14. Kolokwium 3. Transformacja genomów roślinnych. prowadzący Renata Słomnicka, –17 XI

15. Ocena transgenicznych roślin. GUS/GFP. prowadzący Renata Słomnicka, 19 XI

16. Projekt - plakat + 3 minutowe video na zadany temat z zakresu IG; grupy 3 osobowe (w prezentacji każdy członek zespołu bierze udział); ocena plakatów we wtorek 24 XI on-line. Plakat w stylu konferencyjnym (figury i krótkie teksty czcionką czytelną z odległości 2 m), w formacie pdf przystosowany do wyświetlenia lub wydruku w proporcjach slajdu 4:3 (sugeruję tworzenie w PowerPoint i zapisanie ostatecznej wersji w pdf; ustawcie rozmiary szer. 100cm x wys. 75cm). Najlepsze plakaty będą wydrukowane i wywieszone dla potomnych. Video (1 plik) na temat plakatu może być zrobione komórką lub komputerem (lub innym sprzętem jak ktoś ma dostęp) i musi zawierać obraz członków zespołu osobno (w ujęciach) lub razem. Przemowa może (powinna) być ilustrowana grafikami (np. wykorzystanymi w plakacie w formie oddzielnych slajdów lub wydrukowanych/narysowanych plansz) lub rekwizytami. Generalnie tworząc video można puszczać wodze fantazji.

A więc jeszcze raz:

A.     Plakat w stylu konferencyjnym w formacie pdf przystosowany do wyświetlenia lub wydruku w proporcjach slajdu 4:3 (sugeruję tworzenie w PowerPoint i zapisanie ostatecznej wersji w pdf; ustawcie rozmiary: szer. 100cm x wys. 75cm). Termin ostateczny przesłania 24.11.2020 godz. 23.59 – umieścić plik w waszej personalnej strefie notesu (zakładka zadania) zajęć w Teamsach. Nazwy plików powinny być zgodne z następującym schematem: plakat - „plakat2020_nazwisko1_nazwisko2_nazwisko3”; filmik: „film2020_nazwisko1_nazwisko2_nazwisko3” (dane zamieszcza osoba nazwisko1, natomiast pozostali członkowie zespołu koniecznie piszą notatkę u kogo dane są; jeśli dwie lub więcej osób ma to samo nazwisko piszecie nazwiskoimię bez przerw). Materiały zostaną technicznie  sprawdzone przez nas i przerzucone do ogólnodostępnego katalogu. W czwartek 26.11 od 8.30 będziemy wyświetlać wasze filmiki i plakaty i zadawać pytania on line. Obecność wszystkich obowiązkowa. Najlepsze plakaty będą wydrukowane i wywieszone dla potomnych.

B.     Video ok. 3 minuty (1 plik) na temat plakatu może być zrobione komórką lub komputerem (lub innym sprzętem jak ktoś ma dostęp) i musi zawierać obraz członków zespołu osobno (w ujęciach) lub razem. Przemowa może (powinna) być ilustrowana grafikami (np. wykorzystanymi w plakacie w formie oddzielnych slajdów lub wydrukowanych/narysowanych plansz) lub rekwizytami. Generalnie tworząc video można puszczać wodze fantazji.
Podsumowując - każdy zespół przygotowuje 2 pliki, które umieszcza poprzez MS Teams w waszym indywidualnym obszarze notatek w zepole Inżynierii genetycznej (zakładka "notes zajęć">"zadania"). Wystarczy 1 osoba z zespołu - pozostałe tylko piszą tamże u kogo jest wspólna praca.

17. Zamiast zajęć prowadzonych kontaktowo odbywają się prezentacje i komentarze wykorzystywanych procedur (od 1.12) w ośmiu ok. 3-godzinnych częściach (konspekty/procedury będą wam udostępniane w Teamsach):  Cz. Praktyczna 1. Wysiew biblioteki 1.12

18. Cz. Praktyczna 2. Przeglądanie i midi-prep fagowy. 3.12

19. Kolokwium 4. Cz. Praktyczna 3. Izolacja mRNA i odwrotna transkryopcja. 8.12

20. Cz. Praktyczna 4. RT-qPCR. 10.12

21. Cz. Praktyczna 5. Klonowanie rekombinacyjne. 15.12

22. Cz. Praktyczna 6. Mutanty i praca z genomowym DNA. 17.12

23. Cz. Praktyczna 7. Transformacja tytoniu. 22.12

24. Cz. Praktyczna 8. Detekcja modyfikacji genetycznych. 5.01

25. Kolokwium 5. (termin do ustalenia np. 7.01). Najwyższy czas zabrać się za projekt zaliczeniowy:

Pisemny projekt zaliczeniowy – indywidualny problem biologiczny do rozwiązania przy pomocy narzędzi inżynierii genetycznej (2-3 strony samego tekstu + figury, dopasowania sekwencji, tabele; format docx lub pdf). Użycie każdej metody musi być opisowo uzasadnione. Należy też zaproponować sposób weryfikacji wyników kluczowych doświadczeń. Więcej szczegółów przy przydziale tematów.

26. Dyskusja o projektach 12.01

27. Dyskusja o projektach 14.01

28. Termin składania projektów - 19.01

29. 27.01 lub 3.02 egzamin z wykładów IG w terminie wykładu, on line.

 

Wykłady prowadzone będą zdalnie przez cały semestr na platformie MS Teams zgodnie z planem zajęć i zakończony będzie egzaminem z pytaniami otwartymi i zamkniętymi na platformie MS Teams w terminie do ustalenia (patrz punkt 29).

W drugiej połowie semestru otrzymacie Państwo tematy do projektu zaliczeniowego.

 

Wagi: kolokwia 40%; plakat i video 10%; projekt zaliczeniowy 20%; egz. końcowy z wykładów 30%

 

Regulamin zaliczenia ćwiczeń z Inżynierii Genetycznej dla MSB:

·       Warunkiem zaliczenia ćwiczeń jest obecność na zajęciach (zarówno prowadzonych zdalnie jak i w kontakcie). Planowaną nieobecność można odrobić z inną grupą/podgrupą (dotyczy zajęc kontaktowych). Dopuszczalne są 2 usprawiedliwione nieobecności, odrobione w formie raportu streszczającego tematykę zajęć o objętości ok. 2500 znaków ze spacjami plus ew. figury (+/- 100 znaków; plik pdf lub docx). Raport trzeba dostarczyć do 2 tygodni od opuszczonych zajęć.

·       W trakcie semestru jest 5 kolokwiów cząstkowych, w których trzeba zdobyć min. 51% punktów. Niezależnie od liczby odrobionych nieobecności wszystkie kolokwia trzeba zaliczyć. Na poprawę niezaliczonego kolokwium student ma 10 dni od ogłoszenia wyników. Do końcowego rozliczenia za poprawę kolokwium liczy się średnia z obydwu podejść (lub 51%).

·       W ćwiczeniach kontaktowych nie będą mogły uczestniczyć osoby nie posiadające fartucha laboratoryjnego.

·       Osoby chcące poprawić ocenę końcową mogą zgłaszać się na poprawkę ustną (z całego materiału). Ocenę można poprawić o pół stopnia.

·       Zmiana przynależności grupowej jest możliwa na zasadzie zamiany lub zmniejszenia liczebności zbyt licznych grup.

 

Zalecane podręczniki.

·       Genetyka molekularna - praca zbiorowa pod redakcją P. Węgleńskiego. 2006

·       Principles of gene manipulation, an introduction to genetic engineering - R.W. Old, S.B. Primrose, 2006.

·       Transformowanie i regeneracja roślin - poradnik laboratoryjny pod redakcją Andrzeja B. Legockiego. Instytut Chemii Bioorganicznej Poznań, 1990.

·       Podstawy inżynierii genetycznej. Ćwiczenia laboratoryjne. - A. Brillowska-Dąbrowska, M. Wanarska, B. Zalewska-Piątek, R. Piątek, J. Kur. Politechnika Gdańska, 2014. http://serwisy.umcs.lublin.pl/andrzej.mazur/Inzynieria_Genetyczna_Biotechnologia_Kurs_Rozszerzony/Cwiczenia/inzynieria%20genetyczna%20-%20j.%20kur.pdf

·       Biochemia. J. M. Berg, J. L. Tymoczko, L. Stryer, . 2009 PWN

·       Biotechnologia Roślin – pod redakcją Stefana Malepszego, PWN 2017

·       Zasady analizy genomu. Przewodnik do mapowania i sekwencjonowania organizmów. S.B. Primrose,  WNT 1999.

·       Genom człowieka, największe wyzwanie współczesnej genetyki i medycyny molekularnej – pod redakcją Włodzimierza Krzyżosiaka. PWN 2001

·       Microarray analysis – M Schena. John Willey & Sons. 2003

 

Materiały pomocnicze dostępne również na stronie WWW:

http://grzegorz_bartoszewski.users.sggw.pl/